Obzvlášť v poslední době čelí Piráti kritice kvůli problémům s automobilovou dopravou v Praze či za nepromyšlenou koordinaci při opravách pozemních komunikací v hlavním městě. V tomto ohledu si četné výhrady od svých politických konkurentů vyslechl náměstek primátora pro dopravu Jaromír Beránek (Piráti), a to během tematické debaty, kterou moderovala Pražská agenda.